Das Fell der Zwergseidenäffchen ist insbesondere am Kopf buschig und fällt nach hinten, es ist am Kopf und am Nacken dunkelbraun oder graubraun gefärbt, der Rücken ist grau und weist oft schwarze oder grünliche Einsprenkelungen auf.

Der Bauch ist je nach Unterart gelblich-braun oder weißlich, die Pfoten gelb-orange gefärbt. Der lange, buschige Schwanz ist schwarz-grau geringelt. An der Oberlippe befinden sich zwei weiße Flecken, auch auf der Nase verläuft ein weißer Streifen.

Wie bei allen Krallenaffen befinden sich an den Fingern und Zehen (mit Ausnahme der Großzehe) Krallen statt Nägeln.